伊斯兰教是7世纪初由阿拉伯半岛的麦加人穆罕默德所创立的信奉安拉为唯一之神的一种神教。它与佛教、基督教并称为世界三大宗教。伊斯兰教的主要教派有逊尼派和什叶派，逊尼派占全世界穆斯林总数的80%。中国穆斯林绝大多数属逊尼派。

伊斯兰教传入自治区最早可追溯到元朝，由于内蒙古自治区地域辽阔，伊斯兰教传入的准确时间各盟巿记载略有不同。从掌握的有关资料看，元朝的统治者对伊斯兰教上层较为重视，因此伊斯兰教这个时期在内蒙古有一定发展。明末、清初出现过一批伊斯兰教学者，经堂教育也开始兴起，并得到发展。15世纪末，几乎扩展到全区各地，在多伦、丰镇、归绥(今呼和浩特市)、包头等地兴建了不少清真寺。从信教程度和分布特点看，内蒙古属于穆斯林散居区，穆斯林群众分布呈大分散、小集中的特点。内蒙古信仰伊斯兰教的主要是回族，全区信教人数有21余人(由于历史原因，阿拉善盟阿拉善左旗有1000余名蒙古族群众信仰伊斯兰教)。中华人民共和国成立初期全区有清真寺80余座，阿訇280余名。截至2007年，全区有正式登记的清真寺176座，阿訇318名。

内蒙古自治区伊斯兰教协会成立于1983年。此外，呼和浩特市、包头巿、巴彦淖尔巿、乌海市、阿拉善盟、乌兰察布市、锡林郭勒盟、赤峰市、呼伦贝尔市及6个旗县成立了伊协组织。自治区伊协主办有《内蒙古穆斯林》杂志。