“文化大革命”前，全区有喇嘛教寺庙500余座。“文化大革命”中，所有的教堂和寺庙被迫停止宗教活动，房屋被占用，一些寺庙遭到严重破坏。中共十一届三中全会后，宗教政策得到恢复和落实。内蒙古自治区党委和政府根据内蒙古自治区实际情况，制定了相关政策，开始宗教房产的落实工作，对全区的宗教房产进行全面清理。截至1987年7月，已清理并明确产权的宗教房产有25 169间，已退还7220间，退还拆毁房屋折价70.22万元。

1985—1995年，由国家筹措资金，对全区重点寺庙进行了维修和开放。其中维修和开放了重点寺庙23座;维修和开放了一般寺庙49座。平均每一个蒙古族聚居区的旗摊上1～3座寺庙。另外，喇嘛教和信教群众自行筹资维修和开放部分宗教活动场所，从而基本上满足了喇嘛和信教群众的宗教生活需要。

维修寺庙经费约1500万元。其中，国家于1986年、1987年、1992年分别拨出1200万元。内蒙古自治区和各盟市历年拨出300万元。在落实政策中，各地对寺庙和喇嘛个人的经济损失，作了适当退赔。寺庙损失退赔约500万元。喇嘛个人经济损失退赔500万元。

自1998—2006年以来，自治区宗教局还从国家财政争取到1500万元维修费，对包头市五当召、鄂尔多斯市准格尔召、阿拉善盟南寺、兴安盟葛根庙等重点寺庙进行了整体维修改造;内蒙古自治区财政从2001年开始，每年拨出100万元专项资金用于内蒙古自治区重点寺庙维修。2004年，增加到每年300万元。

1998—2006年，内蒙古自治区宗教局还从国家财政争取到1500万元维修费，对包头市五当召、鄂尔多斯市准格尔召、阿拉善盟南寺等重点寺庙进行了整体维修维护。