旗境为多宗教地区，历史上先后有汉传佛教、喇嘛教、道教、伊斯兰教、天主教、耶稣教传入。明中后期，喇嘛教(黄教)传入蒙古地区，土默特为弘法中心。清朝统治者为“安诸蒙古”，极力提倡喇嘛教，兴建喇嘛寺庙。

后随着内地移民大批迁来。汉传佛教和各种民间杂祀接踵而至，庙宇骤增，唯道教渐趋衰落。近现代天主教、耶稣教传入本区，二十四顷地天主堂曾显赫一时。民国以来，“拆佛像、兴学校”，提倡科学文明，汉传佛教渐趋衰落。伊斯兰教为回族信仰，清真寺均有较好保护。1949年后，提倡宗教信仰自由，宗教活动正常进行。“文化大革命”期间，宗教活动被迫停止，宗教设施遭到破坏。

中共十一届三中全会以后，旗委、政府落实宗教政策，修缮寺庙、教堂，逐步恢复了宗教的正常活动。截止1990年，旗境有寺庙、教堂10座，活动场所15处，神职人员69名，信教群众11 836名。